Pred kratkim,Kitajski tednik CDCoktobra 2025 objavil pomemben raziskovalni članek, ki opisuje epidemiološko in etiološko preiskavo izbruha akutnega gastroenteritisa, ki ga je povzročil rotavirus skupine C (RVC) v osnovni šoli v Luzhouju v provinci Sečuan. Omeniti velja, da sta ključno vlogo pri preiskavi igrala visokozmogljiv komplet za ciljano zajemanje patogenov (zajem sonde) in tehnologija sekvenciranja celotnega genoma podjetja Macro & Micro-Test. Z omogočanjem natančne identifikacije patogenov in celovite genomske karakterizacije je tehnologija zagotovila ključne znanstvene dokaze za hitro potrditev izbruha, natančno sledenje virov in učinkovit nadzor izbruhov.
Nenaden izbruh: Prvi prijavljeni izbruh RVC na jugozahodu Kitajske
15. oktobra 2025 je v osnovni šoli v Luzhouju izbruhnil akutni gastroenteritis. Šola je imela skupno 1943 učencev in osebja, prijavljenih pa je bilo 32 primerov, vključno s 6 laboratorijsko potrjenimi in 26 klinično diagnosticiranimi primeri, kar je pomenilo skupno stopnjo okužb 1,65 %. Izbruh je dosegel vrhunec med 15. in 16. oktobrom, najvišjo stopnjo okužb pa so zabeležili učenci 7. in 5. razreda (23,08 %). Večina bolnikov je bila šoloobveznih otrok (mediana starosti: 10 let), ki so se pojavljali predvsem z bruhanjem (65,62 %), drisko (46,87 %) in bolečinami v trebuhu (37,50 %). Simptomi so običajno trajali 1–3 dni, vsi bolniki pa so okrevali brez hujših zapletov.
Epidemiološka preiskava je identificirala indeksni primer kot 11-letnega dečka v 7. razredu 5. razreda. Njegova mlajša sestra je pred njim razvila podobne simptome, kar kaže na prenos v gospodinjstvu kot začetni vir. Neustrezno ravnanje z bruhanjem na šoli – vključno z neposrednim pometanjem in odstranjevanjem brez pravočasne razkuževanja ali izolacije območja – v kombinaciji s slabo higieno rok med učenci je verjetno olajšalo nadaljnji prenos. Večina prizadetih učilnic se je nahajala med drugim in petim nadstropjem ter si je delila sosednja moška stranišča, kar kaže na to, da sta k širjenju morda prispevala tako aerosolni kot kontaktni prenos.
Preiskava je postala še posebej zahtevna, ker so rutinski presejalni testi za patogene, vključno s testi za norovirus in rotavirus skupine A, dali negativne rezultate, kar je kazalo na to, da je bil odgovoren nenavaden patogen.
Etiološka diagnoza: sekvenciranje celotnega genoma z makro in mikro testom identificira krivca
Začetni test za norovirus je bil negativen. Center za nadzor bolezni v Luzhouju je nato uporabil multipleksni test PCR v realnem času za gastrointestinalne patogene, ki je lahko hkrati zaznal 28 patogenov, vključno z 8 virusi, 17 bakterijami in 3 paraziti, za pregled osmih kliničnih vzorcev. 17. oktobra je bilo šest vzorcev pozitivnih na rotavirus skupine C, s čimer je bil vzročni patogen uspešno identificiran.
Za nadaljnje sledenje vira izbruha so raziskovalci izvedli tako metagenomsko sekvenciranje z nanoporami kot tudi sekvenciranje celotnega genoma z zajemanjem sond, ki ga je razvila družba Macro & Micro-Test, na petih pozitivnih vzorcih. S tem pristopom je bilo uspešno ustvarjenih pet popolnih zaporedij genoma RVC (SC01–SC05). Integrirana strategija hitrega multipleksnega PCR presejanja, ki ji je sledilo visokoločljivostno sekvenciranje celotnega genoma, je zagotovila robustno tehnično podporo za natančno molekularno epidemiologijo in sledenje viru.
Znanstveni vpogledi: Prva identifikacija genotipa M2 v jugozahodni Kitajski
Raziskovalna skupina je na podlagi visokokakovostnih podatkov celotnega genoma, pridobljenih s tehnologijo Macro & Micro-Test, poročala o več pomembnih znanstvenih ugotovitvah:
Potrditev izbruha monoklonske okužbe:Vseh pet virusnih izolatov je imelo identičen celoten genotip (G4-P[2]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2), z le 0–1 razlikami v polimorfizmu enega nukleotida (SNP), kar dokončno dokazuje, da je izbruh izviral iz ene same prenosne verige.
Odkritje genotipa M2:Filogenetska analiza je pokazala, da so sevi Luzhou RVC pripadali genotipu M2 in ne genotipu M3, ki je prej veljal za prevladujočega med kitajskimi sevi RVC. Ta ugotovitev izpodbija konvencionalno razumevanje porazdelitve genotipa RVC na Kitajskem in potrjuje pojav genotipa M2 na jugozahodu Kitajske.
Dokazi o mednarodnih prenosnih povezavah:Primerjava celotnega genoma je pokazala visoko genetsko podobnost med sevi Luzhou in sevi RVC, o katerih so že poročali v Yunnanu (2025), Novosibirsku v Rusiji (2017) in Italiji (2012), kar kaže na obstoj aktivnega evrazijskega prenosnega omrežja.
Posledice za preprečevanje in nadzor: zgodnje odkrivanje in hitro posredovanje sta bistvenega pomena
Po identifikaciji patogena je CDC v Luzhouju takoj uvedel celovite nadzorne ukrepe, vključno z izolacijo primerov, razkuževanjem okolja, standardiziranim ravnanjem z bruhanjem in začasno prekinitvijo pouka. Izbruh je bil uspešno zajezjen v eni sami inkubacijski dobi, po 21. oktobru pa niso poročali o nobenih dodatnih primerih.
Preiskava ponuja tudi pomemben nauk za javno zdravje: pri izbruhih gastroenteritisa v skupinah, pri katerih so testi za rotavirus skupine A in norovirus negativni, je treba v rutinske diagnostične preglede vključiti tudi testiranje na rotavirus skupine C in druge rotaviruse, ki ne spadajo v skupino A.
Ta študija predstavlja prvi zabeleženi izbruh rotavirusa skupine C na jugozahodu Kitajske in prvo identifikacijo genotipa M2 v regiji, kar širi trenutno razumevanje epidemiologije rotavirusa skupine C v vzhodni Aziji. V tej raziskavi je integrirana rešitev podjetja Macro & Micro-Test, ki združuje multipleksno PCR presejanje s sekvenciranjem obogatitve celotnega genoma, pokazala pomembno praktično vrednost, saj je omogočila hitro identifikacijo patogena in molekularno sledenje virov z visoko ločljivostjo, s čimer je zagotovila ponovljiv tehnični okvir za natančno preiskavo in nadzor prihodnjih izbruhov nalezljivih bolezni.
Čas objave: 30. julij 2026