Nedavna metagenomska študija je razkrila izjemno raznolik spekter virusov in bakterij, ki jih prenašajo glodalci v provinci Heilongjiang, vključno z virusom Lassa, virusom Amur, salmonelo in Yersinia pestis.
V raziskavi so bile uporabljeneKomplet za obogatitev patogene RNA podjetja Macro & Micro-Test, ki temelji na tehnologiji zajemanja sond. Z selektivnim izčrpavanjem gostiteljske rRNA in drugih ohranjenih fragmentov gostitelja je metoda učinkovito ohranila mikrobno RNA, kar je znatno izboljšalo občutljivost zaznavanja patogenov. Ta korak obogatitve patogenske RNA je bil ključnega pomena za doseganje visoke stopnje zaznavanja in je zagotovil močno tehnično podporo za nadzor patogenov.
Glodalci: ključni rezervoarji zoonoz
Glodalci so vrstno najbogatejša in široko razširjena skupina sesalcev, ki obsega več kot 2000 vrst po vsem svetu in predstavljajo več kot 40 % vseh vrst sesalcev.
Poleg ekološkega pomena glodalci služijo kot glavni rezervoarji in prenašalci številnih zoonoznih patogenov.Ker se habitati glodalcev pogosto prekrivajo s človeškim okoljem – prek neposrednih ugrizov, stika z izločki ali posrednega prenosa prek bolh in pršic – patogeni, ki jih vsebujejo, predstavljajo stalno grožnjo javnemu zdravju.
Omeniti velja, da več kot 70 % novih nalezljivih bolezni izvira iz divjih živali, pri čemer glodalci predstavljajo enega najpomembnejših rezervoarjev virusa.
Obmejna regija Heilongjiang: prva linija za nadzor patogenov
Heilongjiang, obmejna provinca na severovzhodu Kitajske, ima bogate ekološke vire in meji na več držav. Kombinacija bogate biotske raznovrstnosti in pogostega čezmejnega premikanja prebivalstva ustvarja ugodne pogoje za prenos patogenov.
Med junijem in julijem 2021 so raziskovalci iz mesta Hengdaohezi v mestu Mudanjiang zbrali 67 divjih glodavcev. Vzorci so vključevali:
20. l.polotok Apodemus
l 47Myodes rufocanus
Vsi primerki so bili ujeti v stanovanjskih območjih in okoliških kmetijskih zemljiščih, kar poudarja tesen stik med človeškimi naselji in habitati prostoživečih živali.
Tehnologija obogatitve patogenov: premagovanje motenj gostiteljevega ozadja
Pri metagenomskem sekvenciranju gostiteljska RNA običajno prevladuje v sekvencirnih odčitkih in prikriva signale patogenov z nizko abundanco.
Za reševanje tega izziva je bila v študiji uporabljenaKomplet za metagenomsko odkrivanje patogenov Macro & Micro-Test. Z uporabo tehnologije zajemanja sond se posebej zasnovane sonde vežejo na gostiteljsko rRNA in ohranjena zaporedja, kar omogoča njihovo izčrpavanje in s tem obogatitev mikrobne RNA.
Ta pristop je bistveno izboljšal občutljivost zaznavanja patogenov, kar je omogočilo nadaljnje sekvenciranje, da je odkrilo večji delež odčitkov patogenov. Korak obogatitve je postavil trdne temelje za natančno karakterizacijo spektra patogenov, ki jih prenašajo glodalci.
Po obogatitvi so bili vzorci RNA podvrženi reverzni transkripciji, konstrukciji knjižnice in visokozmogljivemu sekvenciranju. Bioinformatična analiza je vključevala:
Filtriranje genoma gostitelja
Taksonomska klasifikacija z uporabo Kraken2
l Popravek številčnosti s praprotjo
Ta potek dela je ustvaril celovit profil virusnih in bakterijskih skupnosti.
Raziskovalne ugotovitve: Sočasni kroženje več virusov in bakterij
Virusne ugotovitve
Odkriti virusi so pripadali 21 virusnim družinam, vključno zArenaviridiinHantaviridae.
Skozina novoZ uporabo programa Megahit je bilo ustvarjenih 154 virusnih kontigov, od katerih se je 110 ujemalo z 19 virusi iz osmih družin.
In polotok Apodemus, so bili identificirani naslednji virusi:
l Arenavirusi: virus Lassa, virus Wenzhou, virus Gairo
l Hantavirusi: Amur virus, Puumala virus
In Myodes rufocanus, odkrili so podganji arterivirus in amurski virus.
Med temi patogeni:
Virus Lassa je povzročitelj virusne hemoragične mrzlice, pri čemer stopnja smrtnosti doseže približno 20 %.
l Amurski virus je eden od povzročiteljev hemoragične mrzlice z ledvičnim sindromom (HFRS). Kitajska poroča o največjem svetovnem bremenu okužb s hantavirusom.
Bakterijske ugotovitve
Skupno je bilo označenih 1051 bakterijskih rodov.
Najbolj številčni rodovi so bili:
lSalmonela(26–31 %)
lJersinija(11–23 %)
Salmonelaje pomemben patogen, ki se prenaša s hrano, in je odgovoren za približno 9 milijonov primerov tifusa in približno 110.000 smrti letno po vsem svetu.
Yersinia pestis, povzročitelj kuge, je bil odgovoren za tri zgodovinske pandemije. Provinca Heilongjiang je prepoznana kot eno od naravnih žarišč kuge na Kitajskem in ostaja prednostna regija za nadzor kuge.
Pomen študije
Znanstveni prispevki
Ta študija predstavlja prvo poročilo o fragmentih virusa Lassa in virusu arteritisa podgan pri glodavcih iz Heilongjianga, s čimer se širi kitajska baza podatkov o patogenih, ki jih prenašajo glodavci.
Sistematično karakterizira virusne in bakterijske združbe v lokalnih populacijah glodalcev ter zagotavlja osnovne podatke za nadzor zoonoz v obmejnih regijah.
Posledice za javno zdravje
Ugotovitve poudarjajo potrebo po stalnem nadzoru in presejanju patogenovA. peninsulaeinM. rufocanus.
Podatki zagotavljajo znanstvene dokaze, ki podpirajo strategije nadzora virov za bolezni, kot sta kuga in hemoragična mrzlica z ledvičnim sindromom.
Metodološke prednosti
Metagenomsko sekvenciranje omogoča nepristransko odkrivanje tako znanih kot novih patogenov.
V tej študiji je tehnologija obogatitve patogenov podjetja Macro & Micro-Test pokazala močno delovanje in učinkovito izboljšala zaznavanje ciljnih patogenov v kompleksnih bioloških vzorcih. Rezultati potrjujejo njeno sposobnost podpore visoko občutljivi identifikaciji patogenov pri nadzoru prostoživečih živali.
Priporočilo izdelka
Zaradi uspešne uporabe v tej študiji je komplet za obogatitev patogene RNA makro in mikro testov zelo priporočljiv za raziskave metagenomskega nadzora.
Z učinkovitim izčrpavanjem gostiteljskih nukleinskih kislin in obogatitvijo mikrobnih zaporedij komplet znatno izboljša občutljivost zaznavanja in kakovost podatkov. Predstavlja bistveno orodje za natančno odkrivanje patogenov v kompleksnih vzorcih in zagotavlja robustno tehnično podporo za nadzor javnega zdravja, oceno tveganja zoonoze in pripravljenost na izbruhe.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Čas objave: 2. marec 2026