Nedavna študija, objavljena vMikrobiomizvedli virusno metagenomsko analizo na 846 divjih malih sesalcih – vključno z netopirji, glodavci in rovkami – zbranih v Sierra Leone v Zahodni Afriki. V študiji so identificirali skupno 39 RNA virusov, povezanih s sesalci, vključno s 26 novimi in 13 že znanimi virusi. Med njimi je družina Paramyxoviridae pokazala največjo raznolikost, medtem ko so glodavci vsebovali največje število virusnih vrst (n = 26).
Ocena zoonotičnega tveganja je razkrila tri znane zoonotične viruse – virus encefalomiokarditisa, virus Lassa in Rocahepevirus sp. – ter tri viruse s potencialnim tveganjem za prenos: virus Melian, virus hepatitisa glodalcev in Hunnivirus A. Med novo identificiranimi virusi je bil najtesnejši filogenetski soroden virusu Le Dantec, ki okužuje ljudi, Batledantevirus 2. Serološka analiza je nadalje odkrila nevtralizirajoča protitelesa proti temu virusu pri 2,8 % lokalnih prebivalcev, kar kaže na predhodno, verjetno neodkrito, izpostavljenost ljudi.
Te ugotovitve poudarjajo prisotnost znatnega rezervoarja virusa v Zahodni Afriki, v katerem prevladujejo glodalci, in poudarjajo ključni pomen integriranih strategij nadzora na stičišču med človekom in živaljo. Kombinacija metagenomskega presejanja s serološko validacijo zagotavlja robusten okvir za identifikacijo virusov z zoonoznim in spillover potencialom.
V zadnjem desetletju je več kot 60 % novih nalezljivih bolezni pri ljudeh izviralo iz živalskih rezervoarjev, pri čemer so netopirji, glodalci in rovke prepoznani kot ključni gostitelji zoonotskih virusov. Afrika na splošno velja za žarišče zoonotskih bolezni. Sierra Leone je na primer med izbruhom ebole v letih 2014–2016 poročala o več kot 28.000 primerih.
Kljub znatnemu bremenu zoonoz v tej regiji ostajata raznolikost in razširjenost virusov pri divjih malih sesalcih nezadostno opredeljeni. Da bi odpravili to vrzel, so raziskovalci izvedli sistematično analizo viromov 846 divjih malih sesalcev, ujetih na treh lokacijah v Sierra Leone med letoma 2018 in 2023. Namen študije je bil opredeliti virusno raznolikost, identificirati kandidate s potencialom za prenos med vrstami, oceniti tveganje za zoonoze in zbrati dokaze v podporo sistemom zgodnjega opozarjanja na nove nalezljive bolezni.
Osnovne metode
V študiji je bil uporabljen obsežen potek dela virusne metagenomike:
- Obdelava vzorca:Tkivo srca, jeter, vranice, pljuč in ledvic smo zbrali, združili, homogenizirali in iz njega ekstrahirali celotno RNA.
- Zaporedje in sestavljanje:Pred izgradnjo knjižnice je bila izvedena deplecija ribosomske RNK, ki ji je sledilo visokozmogljivo sekvenciranje z uporabo platforme Illumina NovaSeq 6000. Virusni kontigi so bili sestavljeni de novo.
- Identifikacija virusa:Virusi so bili identificirani na podlagi poravnave genov RNA-odvisne RNA polimeraze (RdRp). Ohranili so le viruse, povezane z vretenčarji, izključili pa so bakterijske, glivične in rastlinske viruse.
- Bioinformatična analiza:Izvedene so bile filogenetska rekonstrukcija, analiza rekombinacij, modeliranje medvrstnega prenosnega omrežja in ocena tveganja za zoonoze.
- Serološka validacija:Za Batledantevirus 2 je bil razvit test nevtralizacije psevdovirusa na osnovi VSV. Nevtralizirajoča protitelesa so bila odkrita v 2,8 % človeških serumov, kar dokazuje potencialni zoonotični prenos.
ŠtudijRezultati
1. Odkrivanje in raznolikost virusov
V tej študiji je bila izvedena transkriptomska analiza sekvenciranja 846 divjih živali, zbranih v Sierra Leone, vključno z glodavci, netopirji in rovkami. Na podlagi popolnih zaporedij genov RNA-odvisne RNA polimeraze (RdRp) je bilo identificiranih skupno 39 RNA virusov, povezanih s sesalci, vključno s 13 prej znanimi virusi in 26 novimi virusi.
Kar zadeva virusno sestavo, je družina Paramyxoviridae pokazala najvišjo stopnjo raznolikosti v vseh treh gostiteljskih redovih, sledili pa sta ji Astroviridae in Picornaviridae. Kar zadeva porazdelitev gostiteljev, so glodalci prispevali največjo virusno raznolikost, saj so vsebovali skupno 26 virusnih vrst, kar kaže na njihovo pomembno vlogo kot rezervoarjev virusne raznolikosti v regiji.
2. Zoonotično tveganje
Ocena zoonotičnega tveganja je identificirala tri znane zoonotične viruse: virus encefalomiokarditisa, virus Lassa in vrsto Rocahepevirus. Poleg tega so bili trije virusi – virus Melian, virus hepatitisa glodalcev in Hunnivirus A – opredeljeni kot potencialno tvegani zaradi prenosa okužbe.
Med 26 novo odkritimi virusi je bilo za štiri na podlagi filogenetskih in genomskih značilnosti predvideno, da imajo visok zoonotski potencial. Predvsem je Batledantevirus 2 pokazal najbližjo filogenetsko povezavo z znanim virusom Le Dantec, ki okužuje ljudi.
Nadaljnja serološka preiskava je to ugotovitev dodatno potrdila, saj so bila v 2,8 % serumov lokalnih prebivalcev odkrita nevtralizirajoča protitelesa proti Batledantevirusu 2. Ta rezultat kaže na to, da so se v človeški populaciji morda že pojavile neprepoznane ali asimptomatske okužbe, kar poudarja možno, a prej neodkrito pot zoonoze.
3. Dinamika prenosa med vrstami
Analiza medvrstnega prenosa je pokazala, da glodalci zasedajo osrednji položaj v omrežju za izmenjavo virusov in delujejo kot ključna vozlišča, ki omogočajo izmenjavo virusov med gostiteljskimi vrstami. Skupno je bilo identificiranih 15 virusov, ki imajo potencial za medvrstni prenos.
Nadaljnja analiza vzorcev navzkrižnega prenosa je pokazala, da se je izmenjava virusov pogosteje pojavljala med gostitelji znotraj istega taksonomskega reda, kar kaže na to, da ima sorodnost gostitelja pomembno vlogo pri dinamiki prenosa. Nasprotno pa so netopirji pokazali relativno manjšo sposobnost navzkrižnega prenosa.
Pomembno je, da so pri nekaterih virusih opazili dokaze o širitvi gostiteljskega kroga. Na primer, virus Melian, ki je prej veljal za specifičnega za rovke, je bil v tej študiji odkrit tudi pri glodavcih, kar kaže na morebiten premik v prilagodljivosti gostitelja in povečano tveganje za širši prenos.
Zaključki in posledice za javno zdravje
- Visoka raznolikost viromov pri divjih malih sesalcih:Odkritje 39 RNA virusov, vključno s 26 novimi vrstami, razkriva velik rezervoar virusov v regiji in prvič poroča o novih virusih z visokim zoonotskim potencialom (npr. Batledantevirus 2).
- Glodalci kot prednostne tarče nadzora:Glodalci delujejo kot ključna središča za prenos virusa in nosijo največjo virusno raznolikost, kar predstavlja največje tveganje za prelivanje.
- Potreba po integriranih strategijah nadzora:Ugotovitve podpirajo dajanje prednosti glodavcem v programih aktivnega nadzora in izvajanje integriranih pristopov, ki združujejo metagenomiko, serologijo in ekološko spremljanje na stičiščih med človekom in divjimi živalmi.
Na splošno ta študija zagotavlja ključne dokaze v podporo sistemom zgodnjega opozarjanja in okvirom za oceno tveganja za nove zoonoze, s čimer poudarja pomen proaktivnega nadzora v regijah z visokim tveganjem.
Informacije o izdelku
Čas objave: 23. marec 2026